Program studi magister PBJ PPS UNY didirikan atas Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan kebudayaan Nomor  360/E/0/2014, dengan nama Izin Penyelenggaraan Program Studi Baru Universitas Negeri Yogyakarta, ditandatangani pada tangal 27 Agustus 2014 oleh Dirjen Dikti Djoko Santoso. Perjuangan mendirikan prodi S2 adalah buah manis dari perjuangan dosen-dosen prodi Pendidikan Bahasa Jawa S1 FBS UNY, yang sudah lama sekali (bertahun-tahun) bermaksud dan sudah menyiapkan perangkat untuk mendirikan prodi S2 dan S3. Akhirnya, SK itupun turun. Dan Prodi S2 PBJ resmi berdiri. Unggulan utama prodi berkonsentrasi pada Kajian Budaya Jawa dan pembelajarnnya dalam konteks pengembangan dan penelitian. pada awal berdirinya, Prodi PBJ telah mendapat peringkat akreditasi B, berdasarkan keputusan BAN-PT No.1146/SK/BAN-PT/Akred/M/X/2015; berlaku sejak tanggal 07 November 2015 sd 07 November 2020.